Michael Scofield (Wentworth Miller) landet nach einem missglückten Deal in "Sona", einem berüchtigten Gefängnis in Panama, in dem brutalste Gewalt regiert. Wer einmal drin ist, kommt nur im Leichensack wieder raus. Lincoln Burrows (Dominic Purcell) wurde frei gesprochen und lässt nun nichts unversucht, seinen Bruder aus dieser Hölle zu befreien. Dann jedoch kidnappt die "Company" Lincolns Sohn L.J. und setzt ihn als Druckmittel ein: Michael soll einen anderen Gefangenen in "Sona" ausfindig machen. Möglicherweise ist der Gesuchte das Ticket nach draußen...

Disc 2:
Störeinflüsse
Beweise müssen her
Vertrauen vorbei
Freier Wille gegen Wahrheit