Die siebte Staffel beginnt 3 1/2 Jahre nach den Ereignissen der Staffel 6 und 8 Monate nach den Ereignissen in Redemption. Die CTU wurde inzwischen zu einem ungenannten Zeitpunkt zwischen den beiden Staffeln von der US-Regierung aufgelöst. Um 8 Uhr morgens muss sich Jack Bauer mit einer Senatsanhörung in Washington D.C. wegen seiner Folterhandlungen im Jahr 2002 an Ibrahim Haddad verantworten.
Die Anhörung wird unterbrochen und Jack wird von FBI-Agentin Renee Walker zur FBI- Niederlassung in Washington gebracht. Die Anhörung wird auf den folgenden Tag, gleiche Zeit verschoben. Michael Latham, der angeblich an der Entwicklung der Firewall der US-Regierung beteiligt war, wird entführt und dazu gezwungen, mit bereits gestohlenen Teilen diese nachzubauen. Zu den Entführern gehrt auch Tony Almeida, der in der 5. Staffel vermeintlich gerettet wurde. Vor drei Jahren hat er sich aus Wut auf die Regierung mit David Emerson zusammengeschlossen. Durch die gehackte Firewall bzw. durch das CIP-Device kontrollieren sie den Flugverkehr. Auch ein Zusammenstoss zweier Maschinen kann somit herbeigeführt werden. Ihr Auftraggeber ist Colonel Ik Dubaku, die rechte Hand des Kriegsverbrechers Colonel Benjamin Juma.
Er stellt US-Präsidentin Alison Taylor ein Ultimatum:
Sie soll den Rückzug der US-Truppen in dem fiktiven südafrikanischen Staat Sangala anordnen, sonst werden in den Vereinigten Staaten Terroranschläge durch das CIP-Device stattfinden. Roger Taylor, der Sohn der Präsidentin ist vor kurzem verstorben, offiziell wurde dies als Selbstmord deklariert. Der First Gentlemen Henry Taylor stellt jedoch nach seinen eigenen Ermittlungen fest, dass es sich dabei um einen Mord handelt. Er gerät wenig später selbst in die Fänge der Verschwörer - die versuchen ihn zu ermorden.